Validasi Metode Identifikasi Gen Babi (Sus Scrofa) Pada 12S rRNA Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)

Abstract

Latar Belakang : Kasus Pemalsuan produk pangan khususnya produk olahan daging masih sering banyak ditemukan. Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan salah satu metode yang sering digunakan dalam deteksi. Salah satu komponen penting dalam PCR yaitu Primer dikarenakan berperan dalam kespesifikan hasil PCR. Sehingga perlu dilakukan validasi metode agar dapat dipertanggung jawabkan. Tujuan : Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sensitivitas dan spesifisitas metode PCR spesific primer 12S rRNA dalam mendeteksi DNA Babi. Metode : Primer babi di desain menggunakan gen 12S rRNA yang berasal dari DNA mitokondria. Sekuens genetik yang digunakan yaitu NC_000845.1 (Sus Scrofa). Desain primer menggunakan primer-blast dan Oligoanalyzer. DNA babi diisolasi menggunakan DNA extraction kit (Favorprep Food DNA Extraction kit). Kuantitas DNA diukur berdasarkan konsentrasi dan kemurnian DNA. Selanjutnya, optimasi primer dilakukan menggunakan variasi suhu annealing dan komposisi primer untuk memperoleh program PCR dan komposisi primer yang tepat. Pengecekan spesifisitas primer dengan kontrol babi, ayam, sapi, dan NTC (No Template Control) serta sensitivitas primer dengan metode serial dilusi berdasarkan visualisasi elektroforesis gel agarosa. Hasil: Desain primer 12S rRNA babi terdiri dari forward primer: 5'GCTCATAACGCCTTGCTCA dan reverse primer: 3'GGGTCCTAGCTATCGTGTG dengan panjang primer 286 bp. Hasil pengukuran konsentrasi DNA 110,12 ng/uL dan kemurnian DNA, yaitu 1,83. Selanjutnya, Hasil optimasi kondisi PCR terbaik adalah pra-denaturasi 95 derajat Celcius selama 2 menit, denaturasi 95 derajat celcius selama 30 detik, annealing 57,4 derajat celcius 30 detik, extension suhu 72 derajat celcius selama 30 detik, dan post-extension 72 derajat celcius primer 12S rRNA menunjukan primer spesifik pada daging babi dan tidak membentuk pita pada DNA sapi ayam, dan NTC serta hasil limit deteksi yang dapat dideteksi primer hingga kadar 11,012 x 10^4 ng/uL. Kesimpulan : Metode PCR yang digunakan dapat mengidentifikasi DNA babi pada gen 12S rRNA secara spesifik dengan kadar terendah yang dapat dideteksi sebesar 0,001 ng/uL.