Validasi Metode Identifikasi DNA Babi (Sus Scrofa) pada 12s Rrna menggunakan Metode Real Time Polymerase Chain Reaction (Real Time Pcr)

Abstract

Latar belakang: Sebagai negara mayoritas muslim, kontaminasi babi pada pangan menjadi isu krusial terkait jaminan halal di Indonesia. Identifikasi DNA babi dapat dilakukan melalui deteksi gen 12S rRNA menggunakan metode Real Time Polymerase Chain Reaction (Real Time PCR). Oleh karena itu, validasi metode perlu dilakukan untuk memastikan efektivitasnya. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui presisi, sensitivitas, dan spesifitas metode Real Time PCR-Spesific primer 12S rRNA dalam mendeteksi DNA babi. Metode: Sampel daging babi diperoleh dari toko daging babi di Yogyakarta. Isolasi DNA dilakukan dengan metode spin column yang dilanjutkan identifikasi DNA menggunakan Real Time PCR. Parameter validasi metode meliputi uji presisi, uji spesifisitas, dan uji sensitivitas. Hasil: Isolasi DNA menghasilkan kadar 72,95 ng/μL, 57,78 ng/μL dan 274,49 ng/μL dengan rasio A260/A280 yang optimal (1,8-2,0). Kondisi optimal amplifikasi tercapai pada suhu annealing 63,3 °C dengan 30 siklus menggunakan kadar primer forward dan reverse masing-masing 10 μM dan 8 μM. Pengujian validasi metode menunjukkan hasil yang konsisten dan spesifik pada DNA babi dengan batas kadar deteksi 2 pg/μL. Kesimpulan: Metode Real Time PCR dengan primer spesifik pada 12S rRNA terbukti valid untuk identifikasi DNA babi secara presisi, spesifik, dan sensitif pada kadar 2 pg/μL.