Validasi Metode Identifikasi DNA Babi (Sus Scrofa) Pada D-Loop menggunakan Metode Polymerasechain Reaction (PCR)

Abstract

Latar belakang: Metode PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan target mitokondria D-Loop berpotensi dikembangkan sebagai alternatif metode analisis cemaran daging babi pada produk makanan. Diperlukan pengujian validitas metode untuk menjamin metodenya spesifik dan sensitif. Tujuan: Untuk mengetahui validitas metode prosedur deteksi cemaran dagingbabi pada produk makanan. Metode: Desain primer menggunakan website Primer-Blast. Preparasi danisolasi DNA sampel daging sapi dan babi metode spin column, pengecekankadar dan kemurnian DNA menggunakan rasio OD (Optical Density). Proses optimasi amplifikasi DNA dilakukan pada variasi suhu PCR dan komposisi primer. Penentuan spesifisitas dan sensitivitas hasil amplifikasi PCRdilakukanberdasarkan pembacaan elektroforesis gel agarose. Hasil : Diperoleh desain primer forward 5’-ACTCATGATCCGGCACGACdanreverse 3’-GCGTTATAGGGTGTGTAGAGCA dan kadar hasil isolasi DNAbabi dan sapi yaitu 55-72 ng/μL. Hasiloptimasi kondisiPCRyaitu suhu pra denaturasi 95,5°C, denaturasi 95,5 °C , annealing 57,9 °C, extension 72 °C, dan post extension 72 °Csertakomposisi primer 20 pmol. Metode PCR mampu mendeteksi hingga kadar 7,195 x 10-3 ng/μl serta hasil elektroforesis menunjukkan primer menempel pada sampel babi pada 496 bp dan tidak menempel pada sapi dan NTC (No Template Control). Kesimpulan : Metode PCR telah memenuhi parameter validitas yaituspesifisitas dan sensitivitas.