Interaksi Eugenol Terhadap Besaran Ikatan Energi Pada Variasi Protein Human Papilomavirus High Risk Type dengan Bantuan Ligand-protein Docking Software

Abstract

Telah dilakukan pengujian secara singkat mengenai interaksi eugenol terhadap besaran ikatan ktan energi pada variasi protein Human Papilomavirus high risk dengan bantuan ligand protein docking software. Motede yang digunakan dalam pengujian menggunakan metode docking ligand-protein dengan bantuan aplikasi docking dan pemodelan struktur molekul. Tujuan dari pengujian ini adalah untuk mengetahui hasil dari nilai ikatan energi ikatan oleh ligand obat terhadap makromolekul tambatan ligand obat. Hasil akan ditunjukan setalah didapatkan nilai energi bebas Gibbs dan dianalisis terhadap ikatan yang terbentuk antara ligand obat dengan protein menggunakan aplikasi pemodelan tiga dimensi Hasil dari pengujian yang didapatkan memperlihatkan hasil energi bebas Gibbs terhadap ligand obat dengan protein tidak terlalu signifikan perbedaan yang didapat jika dibandingkan dengan native ligand. Pada protein golongan PDZ domain hasil yang didapatkan sebesar -5,9 dengan PDB ID:2KPL, -4,1 dengan PDB ID:2OQS, -5,3 dengan PDB ID:8CQY. Kemudian pada golongan PARP dengan PDB ID: 6V3W didapatkan perbedaan hasil yang cukup signifikan sebesar -6,6 terhadap nilai pada native ligand dengan hasil sebesar -11,1.