Studi In Silico Interaksi Senyawa Aktif Minyak Nyamplung (Calophyllum Inophyllum) Terhadap Protein Target Propionibacterium Acnes

Abstract

Propionibacterium acnes adalah bakteri anaerob Gram-positif yang terlibat dalam patogenesis jerawat. Minyak nyamplung mengandung senyawa bioaktif yang diketahui memiliki aktivitas antimikroba dan antiinflamasi. Penelitian ini mengevaluasi secara komprehensif 25 senyawa aktif dari minyak nyamplung sebagai kandidat inhibitor protein target utama P. acnes menggunakan pendekatan in silico. Struktur senyawa diperoleh dari PubChem, disaring menggunakan PASS Online untuk memprediksi aktivitas biologis, dinilai kesesuaian sifat obatnya (aturan Lipinski melalui SwissADME) serta profil farmakokinetiknya (ADMET melalui pkCSM). Empat protein target dipilih berdasarkan perannya dalam patogenesis, yaitu penicillin-binding protein (PDB: 3UPO A), JNK1/MAPK8 (PDB: 3V3V), lipase (PDB: 5H6G), dan β-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III (PDB: 6A9N), dengan struktur diambil dari RCSB PDB. Molecular docking dilakukan menggunakan PyRx, divisualisasikan dengan Biovia Discovery Studio, dan dilanjutkan simulasi dinamika molekular 15 ns menggunakan YASARA untuk mengevaluasi stabilitas ikatan (RMSD dan Rg). Hasil screening mengidentifikasi enam senyawa terbaik Inophyllum E, Inophyllum A, Inophyllum B, Inophyllum C, Inophyllum P, dan Calophyllolide yang memiliki prediksi aktivitas antibakteri dan antiinflamasi tinggi serta profil ADMET yang baik. Hasil docking menunjukkan afinitas ikatan yang kuat terhadap keempat protein target (−7,8 hingga −9,4 kcal/mol). Simulasi dinamika molekular menunjukkan kompleks Inophyllum E–6A9N memiliki stabilitastertinggi (RMSD: ~0,3–0,65 Å, Rg: ~3,81– 3,94 Å, afinitas ikatan: −9,3 kcal/mol), sehingga 6A9N menjadi target paling potensial untuk dihambat.