Validasi Metode Identifikasi Daging Sapi (Bos Taurus) menggunakan Mitokondria 12s RRNA dengan PCR (Polymerase Chain Reaction)

Abstract

Latar belakang: Teknik deteksi perlu untuk menganalisis autentikasi terhadap produk pangan hewani yang sering dilakukan pencampuran dengan produk pangan hewani lainnya serta memastikan metode yang digunakan untuk memenuhi parameter validitas agar penelitian yang dilakukan dapat dipertanggungjawabkan melalui pendekatan genomik salah satunya menggunakan metode PCR (Polymerase chain reaction) – spesific primer dengan mitokondria 12S rRNA. Tujuan: Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui validitas metode terhadap daging sapi menggunakan mitokondria 12S rRNA dengan metode PCR (Polymerase chain reaction). Metode: Desain primer menggunakan website NCBI Primer-Blast, preparasi dan isolasi DNA sampel daging sapi, uji kualitas primer menggunakan Oligoanalyzer, pengecekan kadar dan kemurnian DNA, validasi metode analisis uji spesifisitas dan sensitivitas primer menggunakan PCR Konvensional, analisis hasil validasi metode menggunakan elektroforesis dengan gel agarose. Hasil: Desain primer yang didapatkan adalah dengan forward GTGACCCTACAATAGCCGACG dan reverse AACTTTCGTGCTTGATTCTCTTG. Hasil optimasi kondisi PCR yang digunakan adalah pra denaturasi 98 oC selama 3 menit, denaturasi 98 oC selama 45 detik, annealing 60 oC selama 30 detik, extension suhu 72 oC selama 30 detik, dan post- extension 72 oC selama 3 menit dengan 30 siklus, komposisi primer 20 pmol. Hasil uji spesifisitas primer 12s rRNA menunjukkan primer spesifik pada daging sapi dengan tidak terbentuknya pita pada DNA babi, ayam, sapi dan NTC. Hasil amplifikasi PCR terhadap pembacaaan elektroforesis gel agarose 1,5 % menunjukkan bahwa metode ini mampu mendeteksi DNA sapi secara spesifik dan tidak mengamplifikasi DNA lain serta masih dapat terdeteksi pada pengenceran DNA 1:109