Validasi Marka Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Terkait Oil To Dry Mesocarp (O/DM) pada Kelapa Sawit (Elaeis Guineensis Jacq.) di PT Astra Agro Lestari Tbk.

Abstract

Telah dilakukan Praktik Kerja Lapangan (PKL) di Laboratorium Molekuler Research and Development (RnD) PT. Astra Agro Lestari Tbk., untuk menentukan penanda SNP (Single Nucleotide Polymorphism) yang berasosiasi dengan kandungan O/DM (Oil to Dry Mesocarp) dan menentukan alel yang berkorelasi dengan kandungan O/DM tinggi pada tipe buah kelapa sawit. SNP yang telah diidentifikasi dan digunakan pada penelitian terdahulu yaitu SD_SNP_000010418 (Meta caspase 9), SD_SNP_000002370 (Pyruvate kinase), SD_SNP_000019529 (S-Sulfocysteine), sehingga penelitian ini ditujukan untuk memvalidasi hasil penelitian sebelumnya. Penelitian dilakukan dengan dua tahapan yaitu genotyping dan analisis statistika yang dilakukan dengan isolasi DNA daun dan real-time PCR menggunakan ketiga penanda SNP. Analisis statistika dilakukan untuk melihat perbedaan signifikansi antara kelompok genotip dengan fenotipnya. Hasil real-time PCR dan analisis statistika menunjukkan bahwa penanda SD_SNP_000010418 (Meta caspase 9) dan SD_SNP_000019529 (S-Sulfocysteine) menunjukkan p-value<0,05 pada tipe buah dura, sedangkan pada tipe buah tenera p-value>0,05. Penanda SD_SNP_000002370 (Pyruvate kinase) menunjukkan p-value>0,05 pada tipe buah dura dan tenera. Melalui penelitian ini dapat disimpulkan bahwa penanda SD_SNP_000010418 (Meta caspase 9) dan SD_SNP_000019529 (S-Sulfocysteine) berasosiasi dengan O/DM pada tipe buah dura. Alel yang berkorelasi dengan O/DM tinggi yaitu G/A dari penanda SD_SNP_000019529 (S-Sulfocysteine), sedangkan O/DM tertinggi pada alel kombinasi yaitu C/T:G/A (Meta caspase 9 dan S-Sulfocysteine).