Optimasi Metode Identifikasi DNA Babi (Sus scrofa) pada Gen 12S rRNA dengan Metode Real-Time Polymerase Chain Reaction

Abstract

Latar belakang: Indonesia sebagai negara muslim terbesar di dunia menuntut jaminan kehalalan produk pangan, termasuk deteksi cemaran babi, sebagaimana diatur dalam Undang-Undang Nomor 33 Tahun 2014. Real Time Polymerase Chain Reaction (Real Time PCR) dengan target gen 12S rRNA mitokondria menjadi metode yang akurat untuk identifikasi DNA babi. Penelitian sebelumnya mengalami pembentukan primer dimer sehingga proses identifikasi belum optimal. Oleh karena itu, diperlukan desain ulang primer gen 12S rRNA yang lebih spesifik dan optimal. Tujuan: Menentukan kondisi optimal dan nilai presisi metode Real Time PCR berbasis gen 12S rRNA untuk identifikasi DNA babi (Sus scrofa). Metode: DNA sampel daging babi segar diekstraksi menggunakan FavorprepTM Food DNA Extraction Kit dan dianalisis dengan Real Time PCR berbasis EvaGreen. Optimasi dilakukan terhadap konsentrasi primer dan jumlah siklus, kemudian uji presisi repeatability dengan kriteria %RSD <15%. Hasil: Kondisi optimal diperoleh pada konsentrasi primer reverse 8 μM dan primer forward 5 μM dengan 33 siklus. Uji presisi menghasilkan %RSD Cq sebesar 1,30% dan Tm sebesar 0%, memenuhi kriteria keberterimaan <15%. Kesimpulan: Metode Real Time PCR berbasis gen 12S rRNA dengan konsentrasi primer reverse 8 μM dan forward 5 μM pada 33 siklus telah optimal dan presisi untuk mengidentifikasi DNA babi (Sus scrofa) dengan nilai %RSD Cq sebesar 1,30%.